针对您提出的“合同约定签字盖章后生效，签字用的签字章是否有效”这一问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
一、合同生效的基本条件
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，如果当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同同样成立。依法成立的合同，自成立时生效，但法律另有规定或者当事人另有约定的除外。
二、签字章的法律效力
签字章的合法性：
- 签字章，作为个人或公司代表签字的一种方式，其本身并不违反法律规定。只要签字章是真实、有效的，且代表签字人的真实意思表示，那么使用签字章在合同上签字，在法律上通常是被认可的。
合同约定的影响：
- 如果合同明确约定“签字盖章后生效”，那么需要同时满足签字和盖章两个条件，合同才能生效。这里的“签字”通常指的是手写签名，但并未严格限定必须使用手写笔进行签字，签字章作为代表签字的一种方式，在符合合同约定和法律规定的前提下，可以被视为有效的签字方式。
- 然而，如果合同条款表述为“双方盖章、签字后生效”（使用顿号），则通常被理解为需要同时满足盖章和签字两个条件，合同才能生效。在这种情况下，如果仅使用签字章而未加盖公章（或合同未明确规定签字章可替代公章），且合同条款未对签字章作出特别说明，那么可能存在合同未生效的风险。
司法实践中的认定：
- 在司法实践中，法院会根据合同条款的具体表述、当事人的实际履行行为以及签字章的真实性和有效性等因素，综合判断合同的效力。如果签字章是真实、有效的，且代表签字人的真实意思表示，同时合同未明确排除签字章的使用，那么法院可能会认定使用签字章在合同上签字是有效的。
三、实务风险防范建议
明确合同生效条件：
- 在设计合同条款时，应明确合同生效的具体条件，避免使用模糊或易产生歧义的表述。例如，可以明确约定“本合同自双方盖章且法定代表人（或授权代表）签字后生效”。
规范签约流程：
- 在签约过程中，应规范用印与签字行为，确保合同同时加盖公章及授权代表签字。在授权代表签字前，应查看其权限文件，如授权委托书、职务证明等。
留存证据：
- 应注意留存合同磋商记录、履行凭证等证据，以证明实际履行行为，并在发生争议时提供有力支持。
综上所述，合同约定“签字盖章后生效”时，使用签字章在合同上签字是否有效，需结合合同条款的具体表述、当事人的实际履行行为以及签字章的真实性和有效性等因素进行综合判断。为避免争议风险，建议在合同条款中明确合同生效的具体条件，并规范签约流程和留存证据。