童工在其合法权益受到侵害时，有权申请劳动仲裁。具体来说，当童工与用人单位就劳动权益（如工资支付、工作时间、劳动条件等）产生争议时，他们可以依法向劳动争议仲裁委员会提出申请，要求解决纠纷并维护自身权益。

然而，需要明确的是，使用童工本身属于违法行为。根据相关法律法规，用人单位不得雇佣未满法定年龄的未成年人（即童工）进行工作。因此，在处理童工与用人单位之间的劳动争议时，劳动仲裁委员会不仅会审查争议的具体内容，还会综合考量童工的特殊身份以及用人单位是否存在非法使用童工的行为。

在劳动仲裁过程中，仲裁委员会会依据相关法律法规进行审查和裁决。如果确认用人单位存在非法使用童工的行为，劳动行政部门会依法予以处罚，包括但不限于罚款、责令限期将童工送回原居住地等。同时，对于童工因工作而遭受的权益侵害（如未支付工资），仲裁委员会也会要求用人单位承担相应的法律责任，如支付拖欠的工资等。

但值得注意的是，由于童工的特殊身份和非法用工的复杂性，整个劳动仲裁过程可能会面临一些挑战和困难。例如，证据的收集可能更为困难，因为童工可能缺乏足够的法律意识和维权能力。因此，在处理此类争议时，需要特别关注童工的权益保护，并确保整个过程的公平公正。

总之，童工在其合法权益受到侵害时，有权通过劳动仲裁维护自身权益。但整个过程要遵循法定程序，并充分考虑童工的特殊身份和非法用工的复杂性。同时，也呼吁社会各界共同关注未成年人的权益保护，坚决抵制非法使用童工的行为。