当发生交通事故，交通部门（通常是交警）需要扣车时，他们确实需要出具暂扣凭证。这是依据《道路交通安全违法行为处理程序规定》等相关法律法规的要求，旨在保障当事人的合法权益，确保扣车行为的合法性和规范性。

具体来说，交警在扣留车辆时，应当当场出具扣留凭证，并明确告知当事人在规定期限内到公安机关交通管理部门接受处理。这份扣留凭证是交警扣车行为的合法证明，也是当事人后续维权的重要依据。如果交警没有出具扣留凭证，或者扣留凭证上的信息不完整、不准确，那么这种扣车行为就可能构成程序上的违法，侵犯当事人的知情权、申诉权等合法权益。

此外，关于扣车期限，法律也有明确规定。一般情况下，因收集证据的需要，公安机关交通管理部门可以扣留事故车辆，但自检验、鉴定结论确定之日起五日内，应当通知当事人领取扣留的事故车辆、机动车行驶证以及扣押的物品。检验、鉴定的期限一般不得超过三十日，经上一级公安机关交通管理部门批准，可以延长至六十日。如果是不需要检验、鉴定的车辆，交通管理部门应当自现场调查结束之日起三日内通知当事人领取。若逾期不领取，经公告三个月仍不领取的，对扣留的车辆将依法处理。

如果交通部门在扣车时没有出具暂扣凭证，或者扣车期限超出了法律规定的范围，当事人有权要求交警依法出具扣留凭证，并可以向上级公安机关交通管理部门或者同级人民政府进行申诉、投诉，以维护自身合法权益。

总之，交通事故扣车时，交通部门必须出具暂扣凭证，并严格按照法律规定的期限和程序进行扣车操作，以保障当事人的合法权益不受侵犯。