首先，如果工程竣工验收合格，但结算时通过司法鉴定发现隐蔽工程不合格，那么需要根据具体情况来确定责任和处理方式。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同约定的责任划分：

   • 首先应查阅工程承包合同，看合同中是否有关于隐蔽工程验收、质量保证及责任划分的明确条款。
   • 如果合同中有约定，在隐蔽工程验收时应有相应的验收记录和双方签字确认，此时应依据合同条款来确定责任方。

2. 司法鉴定结果的权威性：

   • 司法鉴定是具有法律效力的，其结果将作为处理争议的重要依据。
   • 如果司法鉴定确实表明隐蔽工程不合格，那么该结果将直接用于判定责任。

3. 责任承担与处理：

   • 施工单位责任：如果隐蔽工程不合格是由于施工单位的施工质量问题导致的，那么施工单位应承担相应的修复责任，并可能面临赔偿损失的责任。
   • 建设单位或监理单位责任：如果隐蔽工程在验收时未被发现不合格，且是由于建设单位或监理单位的疏忽或过失导致的，那么这些单位也应承担相应的责任。
   • 共同责任：在某些情况下，可能涉及多方责任，如施工单位、建设单位、监理单位等均有不同程度的过错，此时应根据各自的责任大小来分担损失。

4. 法律途径解决争议：

   • 如果双方无法就责任承担达成一致，可以通过法律途径解决争议，如诉讼或仲裁。
   • 在法律程序中，司法鉴定结果将作为重要证据，法院或仲裁机构将依据相关法律规定和证据来判定责任。

5. 后续处理建议：

   • 对于已经发现的隐蔽工程不合格问题，应尽快制定修复方案并进行修复，以确保工程的安全和使用性能。
   • 同时，双方应就修复费用、赔偿损失等事宜进行协商，并签订书面协议以明确各自的权利和义务。

综上所述，处理此类问题应首先依据合同条款和司法鉴定结果来确定责任方，然后通过协商或法律途径解决争议，并最终确保工程的安全和使用性能。如果你在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。