调休时公司扣除半个小时的吃饭时间是否合法，需要具体情况具体分析。

首先，我们要明确的是，劳动者在工作时间内享有合理的休息时间，这是保障劳动者身体健康和劳动权益的重要内容。吃饭时间作为休息时间的一部分，通常应当计入工作时间之内，除非有特别的约定或规定。

1. 如果劳动合同或公司规章制度中有明确规定：

   • 若劳动合同或公司规章制度中明确规定了调休时吃饭时间不计入工作时间，或者规定了具体的扣除方式，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照这些规定扣除半个小时的吃饭时间可能是合法的。
   • 但如果这些规定违反了法律法规的强制性规定，比如违反了劳动法关于工作时间和休息时间的规定，那么公司的做法就是不合法的。

2. 如果劳动合同或公司规章制度中没有明确规定：

   • 在没有明确规定的情况下，公司单方面扣除调休时的吃饭时间可能构成对劳动者权益的侵害。因为劳动者在调休时仍然享有合理的休息时间，包括吃饭时间。

3. 法律建议：

   • 如果你认为公司扣除吃饭时间的做法不合法，你可以首先查看劳动合同和公司规章制度中是否有相关规定，并评估这些规定的合法性。
   • 如果规定不合法或者没有相关规定，你可以与公司进行沟通，提出你的异议，并要求公司纠正其做法。
   • 如果公司不予理睬，你可以考虑向劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护你的权益。

综上所述，调休时公司扣除半个小时的吃饭时间是否合法，取决于劳动合同或公司规章制度中的具体规定以及这些规定的合法性。如果你对此有疑问或争议，建议咨询专业律师或劳动监察部门以获取更准确的解答。