当公司员工不按操作流程导致受伤时，公司应依据具体情况来妥善处理。以下是一些建议的步骤和注意事项：

一、立即救治与报告

1. 紧急救治：首先，确保受伤员工得到及时的医疗救治，这是公司的首要责任。
2. 事故报告：同时，公司应要求相关部门或人员立即报告事故情况，包括事故发生的时间、地点、原因、受伤员工的姓名及伤情等。

二、工伤认定

1. 申请工伤认定：根据《工伤保险条例》，即使员工操作不当，只要符合工伤认定的基本条件（如在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害），也应认定为工伤。公司应协助员工或其家属向当地社会保险行政部门申请工伤认定。
2. 工伤认定结果：等待并关注工伤认定的结果。如果认定为工伤，公司将按照工伤保险的相关规定承担相应责任。

三、责任承担与赔偿

1. 工伤保险赔偿：如果公司已为员工购买了工伤保险，那么医疗费用、停工留薪期工资、护理费、伤残补助金等将由工伤保险基金支付。
2. 公司承担额外费用：对于未购买工伤保险的公司，上述费用将全部由公司承担。此外，如果员工因操作不当而受伤，但公司能证明员工存在故意或重大过失，公司可以根据内部规章制度对员工进行一定的处罚，但这并不免除公司的工伤赔偿责任。

四、后续处理与预防

1. 内部调查：公司应进行内部调查，了解事故发生的具体原因，包括员工不按操作流程的具体行为，以便后续改进。
2. 加强培训：针对此次事故，公司应加强对员工的操作流程培训，确保员工熟悉并遵守操作流程，防止类似事故再次发生。
3. 完善规章制度：公司应审查并完善相关规章制度，明确员工不按操作流程的后果，以及公司在员工受伤后的处理流程。

五、法律咨询与援助

在处理过程中，如果公司遇到复杂的法律问题或争议，应及时咨询专业律师或法律顾问，以确保公司的合法权益得到保护，并避免可能的法律风险。

综上所述，当公司员工不按操作流程导致受伤时，公司应立即进行救治、报告事故、申请工伤认定，并根据工伤认定结果承担相应的责任与赔偿。同时，公司还应加强内部调查、培训与规章制度建设，以防止类似事故的再次发生。