工厂违建被没收后，处理方式主要依据相关法律法规及具体政策，以下是一些建议：

1. 了解没收决定：

   • 首先，要详细阅读并了解政府相关部门作出的没收决定，包括没收的原因、依据的法律法规、没收的范围以及后续的处理方式等。

2. 核实违建情况：

   • 核实工厂是否真的存在违建行为，包括违建的具体位置、面积、结构等，以便后续处理。

3. 寻求法律救济：

   • 如果认为没收决定存在错误或不当之处，可以在法定期限内向作出没收决定的机关或其上一级机关申请行政复议，或者向人民法院提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。

4. 配合政府处理：

   • 如果没收决定合法且正确，应积极配合政府相关部门的处理工作，包括但不限于提供必要的资料、协助调查等。

5. 整改与重建：

   • 在政府允许的情况下，可以对违建部分进行整改或拆除，以符合相关法律法规的要求。整改完成后，可以向相关部门申请重新验收，以恢复工厂的正常使用。

6. 关注后续政策：

   • 关注政府后续的相关政策，包括是否有可能对没收决定进行调整或给予一定的补偿等。

7. 预防未来违建：

   • 从长远来看，应加强对工厂建设和管理的合规性审查，确保所有建设活动都符合相关法律法规的要求，避免再次出现违建问题。

处理工厂违建被没收的问题需要综合考虑多个方面，包括法律、政策、实际情况等。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。