关于善意取得虚开增值税专用发票的处理，最新的规定主要依据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发〔2000〕187号）以及后续的相关批复进行明确。以下是对此问题的详细解答：
一、善意取得虚开专票的界定
善意取得虚开的增值税专用发票，指的是购货方与销售方之间存在真实交易，并且购货方在取得增值税专用发票时，并不知晓该发票是以非法手段获得的。这种情况下，购货方不会被视为偷税或骗取出口退税。
二、进项税额的处理
重新取得合法发票：
- 如果购货方能够重新从销售方取得合法、有效的专用发票，或者取得手工开具的合法、有效专用发票并附有销售方所在地税务机关出具的证明，那么购货方所在地的税务机关应当准予抵扣进项税款或出口退税。
已抵扣税款的追缴：
- 如果发票后来被认定为虚开，税务机关将依法追缴购货方已抵扣的进项税款或取得的出口退税。但重要的是，这种追缴并不属于《税收征收管理法》第三十二条所规定的“纳税人未按照规定期限缴纳税款”的情形，因此不会加收滞纳金。
三、法律责任与宽容政策
- 对于善意取得虚开增值税专用发票的纳税人，只要他们能够充分证明自己的善意，并且没有其他违法行为，税务机关一般不会追究其法律责任。
- 在符合一定条件下，税务机关还可能允许纳税人补正或更正税务申报，以确保税收的准确性和完整性。
四、税务监管与指导
- 为防止类似情况再次发生，税务机关将加强对纳税人的监管和指导，包括提供税务培训、辅导等，以提升纳税人的税收合规意识和能力。
五、实际应用与建议
- 纳税人应密切关注税务机关的最新通知和公告，及时了解政策调整。
- 在实际操作中，如遇复杂问题，建议咨询专业的税务顾问或律师，以获取具体、专业的指导和帮助。
综上所述，纳税人在面对善意取得虚开的增值税专用发票问题时，应了解并遵循相关政策和规定，积极配合税务机关的调查和处理，并加强自身对专用发票的管理和审核工作，以确保税收合规。