当协议中没有明确约定违约金，而一方发生违约时，计算赔偿数额可以遵循以下几个步骤和原则来确定：

一、法律依据

首先，根据《民法典》的相关规定，特别是第五百八十四条，违约方应赔偿因违约给对方造成的损失，这包括直接损失和合同履行后可以获得的利益，但赔偿额不得超过违约一方在订立合同时预见到或应当预见到的因违约可能造成的损失。

二、计算方式

1. 实际损失赔偿：

   • 直接损失：包括因违约导致的额外支出、费用增加等。
   • 可得利益损失：即如果合同正常履行，守约方本可以获得的利益。
   • 守约方需要提供充分证据，如交易记录、财务报表、市场评估等，来证明这些损失的存在和具体金额。

2. 参照法定标准：

   • 对于某些特定类型的合同，法律可能规定了具体的赔偿计算标准或方法。例如，逾期付款可以参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算。

3. 行业惯例与市场标准：

   • 在某些行业或领域，存在着普遍认可的交易习惯和做法，这些可以作为确定赔偿数额的参考。
   • 如果可以确定这些交易习惯对于违约赔偿有一定的标准或惯例，那么在合同没有约定违约金的情况下，也可以参照这些交易习惯来确定赔偿数额。

4. 协商确定：

   • 双方当事人可以在违约事实发生后，就赔偿数额进行协商，根据实际情况达成一致的赔偿方案。

三、注意事项

• 明确请求：在主张赔偿时，应明确是请求赔偿损失而非违约金，避免法律概念上的混淆。
• 合理性与公平性：赔偿金额应合理且符合公平原则和诚实信用原则，过高或过低的赔偿请求可能不会被法院或仲裁机构支持。
• 举证责任：守约方需承担举证责任，证明因违约行为导致的具体损失及金额。
• 法律程序：如果协商不成，守约方可以通过诉讼或仲裁等方式，由司法机关或仲裁机构根据具体情况判定合理的赔偿数额。

综上所述，当协议中没有约定违约金时，违约赔偿的计算是一个综合考量多方面因素的过程，包括实际损失、法定标准、行业惯例及市场标准等。守约方应充分了解相关法律法规和赔偿原则，并承担举证责任以支持其赔偿请求。同时，赔偿金额的确定应遵循合理性、合法性与公平性原则。