停薪留职期间需要支付的费用，主要集中在社保费用的承担上。社保费用通常包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险等。对于这部分费用的支付，以下是一些详细的解答：

一、员工缴纳部分

员工在停薪留职期间，仍需要依据相关规定的比例去缴纳社保费用中的个人部分。这通常涵盖了养老保险、医疗保险以及失业保险等。这些费用原本是从员工个人工资中扣除的，但在停薪留职期间，由于员工没有工资收入，因此需要员工自行按照约定的方式和时间进行缴纳。

二、单位缴纳部分

单位同样需要按照规定比例缴纳社保费用中的单位部分。这包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险等。单位承担的这部分费用，通常是通过单位的财务账户来完成的。

然而，具体的承担方式可能会受到多种因素的影响，包括地区政策、单位规定以及停薪留职协议的约定等。在某些地区或单位，可能会有特殊的规定或约定，比如单位可能会全部承担社保费用，或者双方协商后确定各自承担的比例。

三、停薪留职协议的作用

停薪留职协议是员工与单位之间就停薪留职期间相关事宜进行约定的重要文件。在协议中，双方可以就社保费用的承担方式进行明确的约定。如果协议中有特殊约定，比如单位同意承担全部社保费用或双方协商确定各自承担的比例，那么这些约定将具有法律效力，双方都需要按照约定来履行。

四、注意事项

1. 在签订停薪留职协议时，双方应就社保费用的承担方式进行明确的约定，以避免后续产生争议。
2. 如果协议中没有特殊约定或约定不明确，那么通常应按照一般规定来执行，即员工和单位共同承担社保费用。
3. 在停薪留职期间，员工应密切关注自己的社保缴纳情况，确保自己的权益不受损害。

综上所述，停薪留职期间需要支付的费用主要是社保费用，具体由员工和单位共同承担。双方应在停薪留职协议中明确约定社保费用的承担方式，以避免后续产生不必要的争议。