公司清退员工时，赔偿的计算主要依据员工在本单位的工作年限以及解除劳动合同的合法性。以下是对赔偿计算方式的详细解释：
一、合法解除劳动合同的补偿
按工作年限计算：
- 员工每满一年工作，公司需支付一个月工资作为经济补偿。
- 工作六个月以上但不满一年的，按一年计算，即支付一个月工资。
- 工作不满六个月的，支付半个月工资作为经济补偿。
月工资标准：
- 月工资指的是劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
特殊情况：
- 如果员工的月工资高于当地上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿金将按职工月平均工资三倍的数额支付，但支付年限最高不超过十二年。
二、违法解除劳动合同的赔偿
- 如果公司违法解除或终止劳动合同，需按照经济补偿标准的二倍向员工支付赔偿金。
- 赔偿金计算方式同样基于工作年限，但每满一年支付两个月工资；六个月以上不满一年的按一年计算，即支付两个月工资；不满六个月的支付一个月工资作为赔偿金。
三、其他补偿考虑
未休年假：
- 公司需按照员工未休年假的天数，支付三倍的正常工资作为补偿。
未支付工资及福利：
- 公司应结清员工清算前应得的工资报酬，并补缴社会保险等费用。
四、补偿流程
通知工会：
- 在辞退员工前，公司应事先将理由通知工会，并研究工会的意见。
书面通知员工：
- 向员工发出明确的辞退通知，包括辞退原因、日期、补偿标准等。
办理离职手续：
- 包括工作交接、工资结算、社会保险及住房公积金减员等，同时按约定支付经济补偿金或赔偿金。
综上所述，公司在清退员工时，必须严格遵守相关法律法规，确保合法合规地处理员工的补偿事宜。无论是合法解除还是违法解除，都应按照规定的标准支付相应的经济补偿金或赔偿金，并妥善处理好员工的未休年假、工资及福利等问题。如果员工对公司的辞退行为或补偿金额有异议，可以通过劳动仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。