双方签订协议明确由其中一方居住是合法的。以下是详细分析：
在房屋产权各占50%份额的情况下，双方作为共有人，有权对房屋的使用、管理等事项进行协商并达成协议。如果双方签订了一份协议，明确约定由其中一方居住，那么这份协议在双方自愿、平等、协商一致的基础上签订，且不违反法律法规的强制性规定，也不违背公序良俗，因此是合法有效的。
协议的法律效力：根据《民法典》的相关规定，依法成立的合同，受法律保护。双方签订的居住协议，只要内容合法、形式合规，就具有法律效力，双方均应按照协议约定履行义务。
对房屋使用权的约定：协议中明确由其中一方居住，实际上是对房屋使用权的一种约定。这种约定并不改变房屋的产权归属，只是暂时确定了房屋的使用方式。因此，居住方应按照协议约定的方式和期限使用房屋，不得擅自改变房屋用途或损害房屋价值。
双方的权益保障：签订居住协议有助于明确双方的权益和义务，减少因房屋使用而产生的纠纷。如果居住方违反了协议约定，另一方可以依据协议寻求法律救济，维护自己的合法权益。
综上所述，房屋各占50%份额的双方签订协议明确由其中一方居住是合法的。但需要注意的是，协议内容应明确、具体，且双方应保留好协议原件，以便在发生纠纷时作为证据使用。如果你有任何关于房产纠纷或其他法律问题的疑问，可以直接向我咨询。