结论：五人按份共有的房屋，三人要购买两人的份额而两人不同意，这一行为是否合法，需根据具体情况判断，若三人购买行为符合法律规定及共有协议约定，则是合法的；反之，则不合法。以下从不同角度进行分析：
一、法律背景
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，按份共有人对共有的不动产或者动产按照其份额享有所有权。按份共有人可以转让其享有的共有的不动产或者动产份额。其他共有人在同等条件下享有优先购买的权利。这意味着，按份共有人有权处分自己的份额，但其他共有人在同等条件下有优先购买权。
二、合法性分析
若三人购买行为符合法律规定及共有协议约定：
- 如果三人要购买两人的份额，且这一购买行为没有违反法律、行政法规的强制性规定，也没有违反共有协议中的约定（如共有协议中明确规定了份额转让的条件和程序），那么这一行为是合法的。
- 在此情况下，即使两人不同意出售其份额，也不影响三人购买行为的合法性。因为按份共有人有权处分自己的份额，其他共人的不同意并不构成对三人购买行为的阻碍。但需要注意的是，如果两人主张优先购买权，且条件同等，那么三人可能无法直接购买两人的份额，除非两人放弃优先购买权。
若三人购买行为违反法律规定或共有协议约定：
- 如果三人要购买两人的份额，但这一购买行为违反了法律、行政法规的强制性规定（如未经其他共有人同意擅自转让份额），或者违反了共有协议中的约定（如共有协议中明确规定了份额转让需经全体共有人同意），那么这一行为是不合法的。
- 在此情况下，两人有权拒绝出售其份额，并可以要求三人停止违法行为。如果三人坚持购买，两人还可以向法院提起诉讼，要求确认购买行为无效或撤销购买合同。
三、建议与后果
建议：
- 在进行份额转让前，建议共有人之间先进行充分沟通，明确各自的意愿和条件。
- 如果可能的话，可以签订一份书面协议，明确份额转让的条件、程序以及优先购买权的行使等事项，以避免后续纠纷。
可能的法律后果：
- 如果三人购买行为合法且顺利完成，那么三人将按照约定比例享有房屋的所有权。
- 如果三人购买行为不合法或未能顺利完成，那么可能面临合同无效、撤销或赔偿等法律后果。同时，还可能影响共有人之间的关系和房屋的后续使用和管理。
综上所述，五人按份共有的房屋，三人要购买两人的份额而两人不同意，这一行为是否合法需根据具体情况判断。如果三人购买行为符合法律规定及共有协议约定，则是合法的；反之，则不合法。因此，在进行份额转让前，建议共有人之间先进行充分沟通并签订书面协议以明确各自的权利和义务。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。