旅馆特种行业许可证的法律依据主要包括以下两项：

1. 《国务院对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定》：

   • 该决定由国务院于2004年6月发布（国务院令第412号），并在2016年8月进行了修正（国务院令第671号）。
   • 在这项决定中，第36项明确指出了“旅馆业特种行业许可证核发”作为需要保留的行政审批项目，其实施机关为县级以上地方人民政府公安机关。

2. 《旅馆业治安管理办法》：

   • 该办法于1987年9月由国务院批准，同年10月由公安部公发36号印发，后来在2011年1月通过国务院令第588号进行了修订。
   • 在《旅馆业治安管理办法》的第四条第一款中明确规定：申请开办旅馆应经主管部门审查批准，经当地公安机关签署意见后，再向工商行政管理部门申请登记，领取营业执照后方可开业。这一条款直接涉及到了旅馆业特种行业许可证的核发流程和要求。

综上所述，旅馆特种行业许可证的核发是依据《国务院对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定》和《旅馆业治安管理办法》这两项重要的法律法规进行的。在申请和核发过程中，需要遵循相关法律法规的规定，确保旅馆业的合法、安全运营。