针对你提出的问题，关于虚开增值税专用发票中员工被老板指使参与的情况，处理方式会根据具体情节和法律规定有所不同。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律责任界定：

   • 首先，虚开增值税专用发票是违法行为，不仅涉及税务违规，还可能触犯刑法。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，虚开增值税专用发票的行为可能构成犯罪。
   • 对于员工而言，如果其被老板指使参与虚开行为，但并未意识到这是违法行为，或者虽然意识到但被迫参与，其法律责任会根据具体情况有所不同。

2. 员工可能的法律责任：

   • 无知情况下的参与：如果员工完全不知道这是违法行为，且没有从中获得非法利益，其可能只需承担较轻的行政责任，如罚款、警告等。
   • 知情但被迫参与：如果员工知道这是违法行为，但由于工作压力或其他原因被迫参与，其可能需要承担一定的法律责任，但可能会比主动参与者轻。
   • 主动参与或协助：如果员工不仅知情，还积极参与或协助虚开行为，其将承担更重的法律责任，可能包括刑事责任。

3. 法律建议：

   • 对于员工而言，最重要的是要保护自己的合法权益。如果发现自己被指使参与违法行为，应立即向相关部门举报，并寻求法律援助。
   • 员工在面临此类情况时，应咨询专业律师，了解自己的法律责任和权益，以便做出正确的决策。

4. 预防措施：

   • 员工应加强法律意识，了解虚开增值税专用发票的违法性和严重后果。
   • 在工作中，如遇到老板指使参与违法行为的情况，应坚决拒绝，并考虑是否需要向相关部门举报。

综上所述，员工在虚开增值税专用发票中的处理方式会根据其具体情况和法律规定有所不同。如果你或你身边的人面临此类问题，建议尽快咨询专业律师，以便获得准确的法律建议和帮助。