当您发现案件的诉讼时效已经超过时，不要过于慌张，因为仍有一些方法可以尝试处理这个问题。以下是一些针对债权人和债务人的具体建议：
对于债权人（权利人）：
尝试恢复诉讼时效：
- 仔细审查是否存在导致诉讼时效中断或中止的法定事由。中断事由可能包括您曾向债务人主张权利（如发送书面催款函、短信、微信等），或者债务人同意履行义务。如果能收集到这些证据，诉讼时效可能会重新计算或继续计算。
- 例如，如果您在诉讼时效期内曾向债务人发送过催款邮件，那么该邮件记录就可以作为中断时效的证据。
与债务人友好协商：
- 尝试与债务人进行友好沟通，提醒他们债务的存在及还款约定。如果债务人愿意基于道德或商业信誉考虑履行债务，那么可以达成新的还款协议或让债务人出具书面还款计划，这样诉讼时效会重新起算。
- 举个例子，如果甲欠乙货款，虽然诉讼时效已过，但经过乙的诚恳说明，甲承认债务并承诺还款，还写了书面承诺书，这时诉讼时效就会中断并重新计算。
考虑非诉讼解决途径：
- 可以寻求人民调解委员会等第三方机构的介入调解，以促使债务人履行债务。调解成功达成的协议具有合同性质，如果债务人不履行，您可以向法院申请司法确认并获得强制执行力。
- 如果恢复时效无望且协商无果，您还可以考虑向法院申请强制执行（需债务人有可供执行财产）或向公安机关报案（如果债务人行为构成犯罪）。
对于债务人（义务人）：
谨慎行使时效抗辩权：
- 虽然法律赋予了您时效抗辩权，但从商业信誉和长远合作的角度考虑，您应谨慎决定是否行使这一权利。如果基于长期合作或商业形象考虑，选择不提出时效抗辩并继续履行债务可能是一个更好的选择。
- 例如，甲公司长期从乙公司采购货物，虽然有一笔货款的诉讼时效已过，但考虑到长期合作和商业信誉，甲公司选择按时支付。
利用时效优势进行谈判：
- 如果您决定行使时效抗辩权，那么在与债权人协商时，可以将其作为谈判筹码，争取更有利的偿还条件（如减少还款金额、延长期限等）。但需要注意方式方法，避免引发不必要的纠纷。
- 例如，丙欠丁债务，诉讼时效已过，丙在协商时提出因时效问题希望降低还款金额，最终双方达成了一致意见。
综上所述，处理过了诉讼时效的案件需要综合考虑多种因素，包括法律法规、证据收集、协商技巧以及商业考量等。无论是债权人还是债务人，都应根据自身情况和对方态度灵活选择处理方式，以最大化自身利益并促进问题的和谐解决。