双方合同约定以发包方出具为准的约定，在符合法律规定的前提下，是有效的。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 合同约定的有效性

1. 合同自由原则：根据《中华人民共和国合同法》第四条，当事人依法享有自愿订立合同的权利，任何单位和个人不得非法干预。因此，双方约定以发包方出具为准，只要是双方真实意思表示，不违反法律、行政法规的强制性规定，即为有效。
2. 约定明确性：合同中的约定应当明确、具体，以便双方能够依据约定履行各自的义务。如果“以发包方出具为准”的约定足够明确，能够确定双方的权利义务，那么该约定就是有效的。

二. 特殊情况下的约定效力

1. 显失公平或重大误解：如果合同中“以发包方出具为准”的约定导致双方权利义务严重失衡，或者存在重大误解，那么根据《中华人民共和国合同法》第五十四条，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销该约定。
2. 违反法律法规：如果发包方出具的凭证或内容违反了法律、行政法规的强制性规定，那么该约定将因违法而无效。例如，发包方出具的工程结算单违反了国家关于工程造价的强制性标准，那么该结算单就不能作为双方结算的依据。

三. 实践中的应用

• 例如，在建设工程合同中，双方约定以发包方出具的工程量清单为准进行结算。如果这一约定是双方真实意思表示，且工程量清单的出具符合法律法规和合同约定，那么该约定就是有效的，双方应当依据工程量清单进行结算。

综上所述，双方合同约定以发包方出具为准的约定，在符合法律规定、双方真实意思表示且约定明确的前提下，是有效的。但如果存在显失公平、重大误解或违反法律法规的情况，该约定的效力可能会受到影响。因此，在签订合同时，双方应当谨慎约定，确保约定的合法性和有效性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。