特别行政区制度具体由《中华人民共和国香港特别行政区基本法》和《中华人民共和国澳门特别行政区基本法》规定。

对于香港特别行政区，根据《中华人民共和国宪法》的规定，全国人民代表大会制定了《中华人民共和国香港特别行政区基本法》。这部法律详细规定了香港特别行政区实行的制度，包括行政长官的产生办法、立法会的产生办法和表决程序、在香港特别行政区实施的全国性法律等，并自1997年7月1日起实施。香港特别行政区的设立、制度、政策和法律均以《香港特别行政区基本法》为依据。

同样地，对于澳门特别行政区，也有相应的《中华人民共和国澳门特别行政区基本法》进行规定。该法律明确了澳门特别行政区的高度自治地位，包括独立的司法权和终审权等。

这两部基本法是根据《中华人民共和国宪法》制定的，分别针对香港和澳门的具体情况，为这两个特别行政区的设立和管理提供了法律依据。