特别行政区的基本法是由全国人民代表大会制定的。以下是对此结论的详细分析：

一. 立法权归属与制定机关

1. 全国人民代表大会的立法权：根据《中华人民共和国宪法》的相关规定，全国人民代表大会是我国最高国家权力机关，拥有制定和修改包括特别行政区基本法在内的国家基本法律的权力。这一规定明确了全国人大在立法体系中的最高地位，确保了其制定的法律具有最高的权威性和稳定性。
2. 特别行政区基本法的制定机关：特别行政区基本法作为规定特别行政区制度的根本性法律，其制定必须由具有最高立法权的机关进行。因此，全国人民代表大会作为最高国家权力机关，自然成为特别行政区基本法的制定机关。

二. 立法过程的特点与程序

• 全国人大在制定特别行政区基本法时，会遵循严谨而科学的立法程序，包括深入的调研、广泛的征求意见以及多轮的审议和讨论。这些环节确保了基本法的公正性、合理性和科学性，同时也体现了我国立法的民主性和法治原则。

三. 特别行政区基本法的性质与作用

• 特别行政区基本法是特别行政区的宪制性法律，具有最高的法律效力。它规定了特别行政区的基本制度和政策，为特别行政区的长期稳定和繁荣发展提供了坚实的法律基础。

四. 特别行政区的立法权限

• 虽然特别行政区的基本法是由全国人大制定的，但特别行政区本身也享有一定的立法权。这一权力是在基本法规定的范围内行使的，特区立法机关可以根据本地区的实际情况和需求制定相关法律。然而，这些法律在制定后需报全国人大常委会备案，以确保特区立法与国家法律体系的协调一致。

综上所述，特别行政区的基本法由全国人民代表大会制定，这一规定不仅体现了国家对特别行政区的基本制度和政策的最高决定权，也确保了特别行政区在法律框架内的稳定和发展。如有进一步需要，您可以继续咨询我。