关于您提出的“甲方承担逾期付款部分违约金三万元怎么算”的问题，首先我们需要明确的是，违约金的计算通常依赖于双方合同中的具体约定。以下是对这一问题的详细解答：

1. 查看合同条款

• 明确约定：首先，您应查阅甲乙双方签订的合同，看是否有关于逾期付款违约金的明确条款。例如，合同中可能规定了具体的计算方式，如“每逾期一日，按未付款金额的XX%支付违约金”，或者可能直接设定了一个固定的违约金金额。
• 计算方式：如果合同中有明确的计算方式，您只需将未付款金额、逾期天数或合同约定的其他相关数值代入公式进行计算即可得出违约金金额。

2. 无明确约定时的处理

• 依据法律：如果合同中没有关于逾期付款违约金的明确约定，那么违约金的计算将依据《民法典》的相关规定进行。在这种情况下，违约方（甲方）需要承担因违约给对方（乙方）造成的损失赔偿责任，赔偿额应相当于因违约所造成的实际损失。
• 实际损失：实际损失的确定可能包括乙方因甲方逾期付款而产生的额外贷款利息支出、丧失的商业机会等。这些都需要有具体的证据来支持，并可能需要通过法律程序来确认。

3. 违约金的调整

• 过高或过低：如果合同约定的违约金被认为过高或过低，一方有权请求人民法院或仲裁机构予以适当减少或增加。
• 综合考虑：法院或仲裁机构在调整违约金时，会综合考虑实际损失、合同履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等因素，以确保违约金的合理性和公平性。

4. 具体到您的案例

• 三万元违约金：如果您提到的三万元是合同约定的固定违约金金额，并且甲方确实逾期付款，那么根据合同条款，甲方应支付这三万元作为违约金。
• 进一步行动：如果合同中没有明确约定或存在争议，您可能需要咨询专业律师，并根据实际情况采取法律行动来维护您的权益。

综上所述，逾期付款违约金的计算方式主要取决于双方合同中的具体约定。如果合同中有明确条款，您只需按照条款进行计算；如果没有明确条款，则需要依据相关法律法规并考虑实际损失来确定违约金金额。在处理此类问题时，建议您咨询专业律师以确保您的权益得到充分保护。