当担保协议中的担保金额逾期未返还，且约定的违约金过高时，您可以通过以下几种方式来调整或处理：
一、协商调整
首先，建议您与合同对方进行友好协商，共同讨论违约金的合理性，并尝试就违约金的数额达成新的共识。如果双方能够达成一致，可以签订补充协议，对原合同中的违约金条款进行修改，以确保违约金的数额更加公平合理，且双方都能接受。
二、请求法律或仲裁机构调整
法律依据：
- 根据《民法典》的相关规定，如果当事人认为约定的违约金过高，可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。
- 法院或仲裁机构在判断违约金是否过高时，会综合考虑实际损失、合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等多种因素，并根据公平原则和诚实信用原则进行衡量。
操作流程：
- 若协商不成，您可以向人民法院或者仲裁机构提出请求，要求适当减少违约金数额。
- 在提出请求时，您需要提供充分的证据证明违约金过高，如实际损失的计算依据、合同履行情况的相关证据等。
- 法院或仲裁机构会受理您的请求，并进行审理或仲裁，最终作出是否调整违约金的决定。
通常标准：
- 一般来说，如果违约金超过造成损失的一定比例（通常为30%），可能会被认定为过高而予以调整。
三、确定损失范围
为了更准确地判断违约金是否过高，并争取合理的调整，您需要尽可能详细地计算和提供因违约行为所遭受的实际损失。这包括但不限于直接经济损失、可得利益损失以及因违约而产生的其他合理费用。
四、注意事项
- 及时行动：如果您认为违约金过高，应尽快与对方协商或寻求法律途径解决，以避免因拖延而产生更多的法律风险和经济损失。
- 保留证据：在协商或法律程序中，保留好相关证据是非常重要的。您应确保所有与合同、违约行为以及损失有关的证据都得到了妥善保管和整理。
- 专业咨询：如果您对法律程序或合同条款不熟悉，建议咨询专业的法律人士或律师，以获取更准确的法律建议和帮助。
综上所述，当担保协议中的违约金过高时，您可以通过协商调整、请求法律或仲裁机构调整以及确定损失范围等方式来处理。在处理过程中，务必保持冷静和理性，遵循法律程序和规定，以确保您的权益得到妥善维护。