针对您提出的“工程未完工直接拆除怎么处理”的问题，这主要涉及到在建工程被认定为违法建筑后的处理流程。以下是对此问题的详细解答：

一、法律依据与性质界定

1. 法律依据：根据《城乡规划法》及《行政强制法》的相关规定，对于在建的违法建筑物、构筑物、设施等，规划部门有权作出责令停止建设或限期拆除的决定。

2. 性质界定：规划部门对在建违法建筑作出的强制拆除决定，其实质是为了制止违法行为、避免危害发生、控制危险扩大，而对公民、法人或其他组织的财物实施的暂时性控制行为。然而，这种强制拆除决定实际上会对违法建筑产生永久性、不可逆的损害，这在一定程度上与行政强制措施的暂时性特征存在冲突。因此，在制度层面需要进一步完善以平衡各方利益。

二、处理流程

1. 责令停止建设或限期拆除：当在建工程被认定为违法建筑时，规划部门会首先作出责令停止建设或限期拆除的决定，并告知当事人相关的权利和义务。

2. 强制拆除决定的执行：

   • 对于在建违法建筑，规划部门或县级以上人民政府责成的有关部门有权采取查封施工现场、强制拆除等行政强制措施，且不受《行政强制法》中关于复议或起诉期限届满的限制。
   • 强制拆除前，通常会进行公告，限期当事人自行拆除。逾期不自行拆除的，将依法进行强制拆除。

3. 行政复议或行政诉讼：当事人对规划部门作出的限期拆除决定不服的，可以在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼。但复议或诉讼期间，除非复议机关决定或人民法院裁定停止执行，否则强制拆除决定仍可能被执行。

三、建议与注意事项

1. 及时了解并遵守法律法规：在建工程的所有者或管理者应密切关注相关法律法规的变化，确保工程建设的合法性。

2. 积极沟通与合作：在面临强制拆除等行政措施时，建议与规划部门或相关政府部门进行积极沟通，了解具体拆除原因和依据，并寻求可能的解决方案。

3. 寻求法律救济：如果认为强制拆除决定存在错误或不当之处，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼以维护自身合法权益。

综上所述，对于工程未完工直接拆除的情况，应首先明确法律依据和性质界定，然后按照规定的处理流程进行操作。同时，建议相关方积极沟通与合作，并寻求必要的法律救济途径以维护自身权益。