合同在双方协商同意销毁后，其法律效力并非简单由物理状态决定，而是需根据具体情况及法律规定综合判断。以下是详细分析：
协议解除的情况：
- 如果双方在销毁合同时，明确表示放弃合同中的权利与义务，且此行为不违反法律、不损害他人利益，那么可以视为双方“协议解除”了合同。在这种情况下，合同自销毁时刻起便失去了法律效力。
非协议解除的情况：
- 如果双方虽然销毁了合同，但并未就合同的解除达成一致，或者存在欺诈、胁迫等违法行为，那么合同的效力并不因此自动终止。在这些情况下，合同的效力需要通过法律程序来确定，可能包括诉讼或仲裁。
举例说明：
假设甲乙双方签订了一份买卖合同，后来因某些原因双方协商同意销毁这份合同。如果销毁时双方均明确表示不再履行该合同，且此行为合法合规，那么合同自销毁时起便失效。但如果甲方在销毁合同后反悔，试图依据原合同向乙方主张权利，而乙方不同意，此时便可能需要通过法律途径来解决争议。
法律建议：
- 在处理合同销毁问题时，应深入了解合同的具体内容、销毁的原因及背景，以确保双方行为合法合规。
- 鉴于合同效力的复杂性，建议在遇到相关争议时及时咨询专业律师（如我），以确保准确判断合同状态及各方责任。
- 无论是协商解除还是争议解决，保留相关证据（如书面记录、通信记录等）对于维护自身权益至关重要。
综上所述，合同在双方协商同意销毁后的法律效力需根据具体情况及法律规定来判断。在处理此类问题时，应谨慎行事，并寻求专业法律建议。