针对你提出的问题，即“中标后施工了一段时间，又被查出来投标文件有废标嫌疑”，这里是我的详细解答：

核心结论：若投标文件确实存在废标情形，可能导致中标无效，进而可能影响已施工的工程部分及后续合同的履行。具体法律后果需根据废标原因、合同约定及实际情况综合判断。

分析说明：

1. 废标情形的确认：

   • 首先，需要明确投标文件被查出存在哪些废标嫌疑。废标情形可能包括但不限于：投标文件未按照招标文件要求编制、投标报价低于成本价、投标人资格不符合要求等。
   • 若确实存在废标情形，且该情形在招标过程中未被发现，那么在中标后，招标人或相关监管部门有权依据相关法律法规或招标文件的规定，对中标结果提出质疑或要求废标。

2. 中标无效的法律后果：

   • 一旦中标被确认为无效，那么基于该中标结果所签订的建设工程施工合同也可能被视为无效。这意味着，双方可能需要重新协商合同内容，或者按照招标文件的规定重新进行招标。
   • 对于已经施工的部分，双方需要就工程款的支付、已完工程的验收及后续处理等问题进行协商。如果无法达成一致，可能会引发诉讼或仲裁。

3. 合同履行的风险：

   • 在中标无效的情况下，继续履行合同可能会面临诸多风险。例如，如果后续被要求停工或拆除已建部分，将给施工单位带来巨大的经济损失。
   • 因此，在得知投标文件存在废标嫌疑后，施工单位应立即与招标人进行沟通，了解具体情况，并评估继续履行合同的风险。

4. 法律建议：

   • 首先，建议施工单位尽快咨询专业律师（如我），对投标文件及合同进行全面审查，确认是否存在废标情形及合同无效的风险。
   • 其次，根据律师的审查结果，与招标人进行协商，争取达成双方都能接受的解决方案。如果无法协商一致，应做好诉讼或仲裁的准备。
   • 最后，无论结果如何，都应确保施工过程中的安全与质量，避免因施工不当而引发新的法律纠纷。

综上所述，中标后施工了一段时间又被查出来投标文件有废标嫌疑是一个复杂且敏感的问题。建议施工单位及时采取措施，咨询专业律师，以维护自身合法权益并降低潜在风险。