违法销售手工化妆品，如果构成犯罪，是会留案底的。具体来说：

1. 案底的含义：

   • “案底”一般指的是某人过去有无犯罪行为，以及犯罪行为的具体情况和受到的处罚记录。这些记录通常保存在公安机关或司法机关的档案中。

2. 违法销售手工化妆品的法律后果：

   • 如果违法销售的手工化妆品存在质量问题，或者销售过程中有欺诈、虚假宣传等行为，可能会触犯相关法律法规，如《产品质量法》、《消费者权益保护法》等。
   • 轻微的违法行为可能只会受到行政处罚，如罚款、没收违法所得等，这种情况下通常不会留下案底。
   • 但如果违法行为严重，构成犯罪，如销售有毒有害化妆品导致严重后果，就可能被追究刑事责任，一旦被判刑，就会留下案底。

3. 如何避免留案底：

   • 遵守相关法律法规，确保销售的手工化妆品质量合格，无欺诈、虚假宣传等行为。
   • 如果面临法律纠纷或指控，应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，积极应对法律程序。

综上所述，违法销售手工化妆品如果构成犯罪，是会留案底的。因此，建议销售者严格遵守相关法律法规，确保合法经营，避免不必要的法律风险。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。