肇事逃逸后与对方达成协议，接下来应该按照以下步骤处理：

一、立即向交管部门撤案

首先，双方需要立即向公安机关交通管理部门撤销报案。这是非常重要的一步，因为肇事逃逸是严重的交通违法行为，如果不及时撤案，逃逸方可能会面临行政和刑事责任的追究。通过撤案，可以表明双方已经达成和解，并希望避免进一步的法律纠纷。

二、签订书面赔偿协议

双方需要签订一份书面的赔偿协议，明确赔偿的金额、支付方式和时间等具体内容。这份协议是双方权益的保障，也是避免后续纠纷的重要依据。在签订协议时，建议双方都要认真阅读并理解协议内容，确保自己的权益得到充分保障。

三、通知保险公司理赔

如果涉事车辆投保了保险，那么双方还需要及时通知保险公司，并按照保险合同的要求进行理赔。保险公司会根据事故情况和保险条款来确定赔偿金额和赔偿方式。双方需要配合保险公司提供必要的证明材料和手续，以便顺利获得理赔款。

四、承担相应行政责任

需要注意的是，即使双方已经达成和解并撤案，逃逸方仍然可能需要承担相应的行政责任。根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，肇事逃逸是严重的交通违法行为，公安机关会根据事故的具体情况依法对逃逸方作出处罚，如罚款、吊销驾驶证等。因此，逃逸方需要做好接受处罚的准备。

综上所述，肇事逃逸后与对方达成协议并不能完全免除逃逸方的法律责任。双方需要按照法定流程处理后续事宜，包括撤案、签订赔偿协议、通知保险公司理赔以及承担相应行政责任等。只有这样，才能确保双方的权益得到充分保障，并避免进一步的法律纠纷。