扣车期间的停运损失费是否合法，需根据具体情况来判断。以下是对这一问题的全面解析：
一、停运损失的定义与性质
停运损失指的是营运车辆因被扣押等原因无法正常从事经营活动期间所遭受的预期可得利益的损失，属于间接损失。
二、扣车原因与责任归属
交警扣车：
- 因交通事故调查需要，交警依法扣留营运车辆时，扣留期间通常不计入停运损失期间。停运损失应由事故中的责任人承担。法律依据为《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》，该解释明确支持因交通事故导致的合理停运损失赔偿请求。
法院扣押：
- 若因诉讼保全等原因，法院依法扣押营运车辆，扣押期间产生的停运损失需考虑扣押的合法性、期限合理性等因素来确定赔偿责任。通常，法院不直接承担赔偿责任，除非扣押行为存在不当或超期情况。
其他扣车情况：
- 因车辆所有人或驾驶人违法未处理、经济纠纷等导致车辆被扣押，停运损失由车辆所有人或驾驶人自行承担，或根据与第三方的约定及法律规定确定责任。
三、特殊情况下的停运损失
- 如果车辆的扣押行为被认定为非法或不当，例如执法机关在没有合法依据的情况下擅自扣押车辆，或者扣押程序严重违反法律规定，给车主造成了不必要的损失，车主有权要求扣押机关承担相应的赔偿责任，包括停运损失。
四、停运损失的计算方法
停运损失的计算应基于车辆正常运营情况下的收入，扣除必要的运营成本。具体步骤包括：
- 收入方面：参考停运前一段时间（如过去几个月或一年）的平均营运收入来计算。
- 成本方面：扣除停运期间无需支出的可变成本，如燃油费、过路费等。
受害人需提供充分证据，如收入流水、运营成本票据等，以证明实际的营运损失。
五、法律建议
- 保留证据：在车辆被扣期间，务必妥善保留所有与车辆运营相关的证据，如运营资质证明、停运期间合同、收入流水、扣车通知等。
- 及时咨询：若对扣车期间的停运损失赔偿存在疑问或争议，建议及时向我咨询，以便根据具体情况提供针对性的法律建议。
- 依法维权：若协商不成，可向有管辖权的人民法院提起民事诉讼，提交证据并支持索赔请求。必要时申请专业评估机构对停运损失进行评估鉴定。
综上所述，扣车期间的停运损失费是否合法取决于扣车的原因、责任归属以及实际损失情况。在涉及此类问题时，建议车主充分了解相关法律法规，妥善保留证据，并依法追索赔偿。