关于“非宅基地户主签的协议是否有效”这个问题，不能一概而论，需要具体分析协议的具体内容、签订协议的背景以及双方当事人的身份和意愿等多个因素。以下是我根据不同情况给出的分析：
协议双方均为同村村民，且内容合法：
- 如果协议双方都是具有完全民事行为能力的同村村民，并且协议内容不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议通常是有效的。例如，协议中明确划分了宅基地的边界，合理约定了使用方式等，这样的协议对双方具有法律约束力。
协议涉及非本集体经济组织成员：
- 如果协议的一方或双方是非本集体经济组织成员，比如城镇居民或外村村民，那么根据《土地管理法》等相关法律法规的规定，此类交易可能因违反法律强制性规定而无效。因为宅基地属于农民集体所有，非本集体经济组织成员通常没有资格取得宅基地使用权。
协议存在违法违规情形：
- 如果协议内容涉及擅自改变宅基地用途、非法转让宅基地使用权等违法违规情形，那么该协议也是无效的。例如，将原本用于居住的宅基地用于商业经营，或者将宅基地非法转让给非本集体经济组织成员，这些都违反了宅基地的管理规定。
特殊历史背景下的协议：
- 在某些特殊历史背景下，如1999年《国务院办公厅关于加强土地转让管理严禁炒卖土地的通知》发布前，部分地区的宅基地买卖可能被默许。对于这类案件，可能依据法不溯及既往原则处理，即如果当时的法律法规没有明确规定此类交易无效，那么该协议可能被视为有效。
综上所述，非宅基地户主签的协议是否有效取决于多个因素，包括双方当事人的身份、协议内容是否合法以及是否存在特殊历史背景等。因此，在签订协议前，建议双方充分了解相关法律法规和政策规定，并咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和有效性。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的咨询，请随时向我提问。