针对您提出的“民间借贷已协商还清欠款，但期间有抵押车辆合同未收回怎么办”的问题，我的理解是您已经还清了借款，但抵押车辆的合同仍然在对方手中，您担心这可能带来一些法律上的隐患。以下是我的分析和建议：

1. 核心结论：

   • 已还清欠款的情况下，抵押车辆合同未收回，一般不会对您的权益产生实质性影响，但建议采取一定措施确保权益无虞。

2. 详细分析：

   • 合同效力：民间借贷合同及抵押合同在双方意思表示真实、内容合法的情况下即具有法律效力。既然借款已经还清，那么主合同（借款合同）已经履行完毕，从合同（抵押合同）也应相应终止。
   • 抵押权解除：借款还清后，对方应当配合您解除抵押权，包括返还抵押车辆的相关证件和手续。如果合同未收回，但对方已经确认借款还清，并且实际上没有继续行使抵押权，那么合同未收回本身并不构成法律问题。
   • 潜在风险：尽管法律上已无大碍，但合同未收回可能给您带来心理上的不安或未来可能的纠纷隐患。例如，对方可能以合同未收回为由，主张借款未完全清偿或其他权利。

3. 建议措施：

   • 书面确认：首先，建议您与对方进行书面确认，明确借款已经还清，且对方同意解除抵押权。这可以通过邮件、短信或书面协议等形式进行。
   • 索要合同：礼貌地要求对方归还抵押车辆合同原件，或者至少提供一份双方签字确认的合同终止证明。
   • 留存证据：保留好还款记录、聊天记录等所有与还款和抵押解除相关的证据，以备不时之需。
   • 法律咨询：如果对方不配合或您担心未来可能出现的纠纷，可以随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。

综上所述，虽然抵押车辆合同未收回在法律上可能不构成大问题，但为了确保您的权益得到充分保护，建议您采取上述措施进行风险防范。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时与我联系。