车子在等红绿灯时越过停止线，是否会扣分罚款，这主要取决于越线后的具体行为以及当地的交通法规。以下是对此问题的详细解答：
一、不处罚或轻微处罚的情况
及时停车：
- 如果车辆在红灯亮起时只是刚刚越过停止线，但驾驶员立即停车，且车身未完全通过路口，没有继续前行或倒车等违规行为，这种情况下一般不会被认定为闯红灯，因此不会受到处罚。然而，需要注意的是，部分地区可能会按“不按规定停车”对驾驶员处以轻微罚款（一般约100元），但不记分。
特殊情况下的免责：
- 在交警现场指挥的情况下，如果车辆因遵守交警的指示而越过停止线，即使信号灯为红灯，也不会构成闯红灯行为。
- 如果因前方大车遮挡视线导致误闯红灯，驾驶员可以向交警部门提出申诉，经核实后可免于处罚。
二、可能面临处罚的情况
继续行驶：
- 如果车辆越过停止线后没有停车，而是继续行驶通过路口，这将被明确认定为闯红灯。根据《中华人民共和国道路交通安全法》，机动车闯红灯将被记6分，并处20元以上200元以下罚款（多数地区执行200元罚款）。
越线后移动：
- 即使车辆只是稍微越过停止线，但如果之后有明显的位置移动，如倒车或继续前行，这也可能被视为违反交通规则的行为，从而面临罚款和扣分的处罚。一般情况下，这种行为可能会扣除2分。
特殊区域规定：
- 在某些特定区域，如学校附近、医院门口等，交通规则可能更为严格。在这些区域闯红灯，即使只是稍微越过停止线，也可能被视为严重违规，并面临相应的处罚。
三、建议与注意事项
- 提前减速观察：驾驶人员在接近路口时应提前减速，并仔细观察信号灯和路况，确保在绿灯亮起时通过停止线。
- 了解当地规定：由于不同地区的交通法规可能存在差异，驾驶员应了解并遵守当地的交通管理规定，以避免因不了解规定而违规受罚。
- 保持冷静处理：如果不小心越过了停止线，驾驶员应保持冷静，立即停车并保持静止状态，等待绿灯亮起后再通行。同时，如果遇到特殊情况导致违规行为，应及时向交警部门说明情况并寻求合理处理。
综上所述，车子在等红绿灯时越过停止线是否会扣分罚款，取决于多种因素。驾驶员应严格遵守交通规则，注意观察信号灯和路况，以确保行车安全并避免不必要的处罚。