车辆越过停止线是否会扣分，主要取决于车辆的具体行为、交通信号灯的状态以及电子眼等设备的抓拍情况。以下是对此问题的详细分析：

1. 不扣分的情况：

   • 车辆在红灯亮起时，由于惯性等原因刚刚越过停止线，但立即停车：根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第五十一条，机动车遇停止信号时，应依次停在停止线以外。若驾驶人能及时反应并停车，未继续行驶通过路口，则不被认定为闯红灯，不扣分。电子眼抓拍闯红灯需三张照片（驶过停止线、到达路中间、到达对面路口），仅越过停止线后立即停车，不满足抓拍条件。
   • 汽车前轮和后轮都越过了停止线，但未越过前方的斑马线或路口，且保持停车状态：这种情形属于越线停车，但若车辆在红灯期间未继续前行，而是保持静止，则同样不会被扣分。

2. 扣分的情况：

   • 车辆在红灯亮起后，越过停止线并继续行驶通过整个路口：根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，驾驶机动车违反道路交通信号灯通行的，一次记6分，并可能面临二十元以上二百元以下的罚款。
   • 在黄色信号灯亮起时，未越过停止线的车辆继续行驶并越过停止线：根据《中华人民共和国道路交通安全法》第二十六条，黄灯表示警示，未越过停止线的车辆应停车等待。黄灯亮时强行通过停止线，通常被视为违反交通信号灯指示，可能会处以扣6分的处罚。
   • 车辆越线后有明显位置移动：即使只是稍微前进，也可能被认定为闯红灯，从而被扣6分，并处以相应罚款。
   • 车辆越线停车被电子眼抓拍：根据部分地区的交通法规，越线停车被抓拍将记驾驶证2分（也有地区记1分的情况，需根据当地具体规定执行），并处相应罚款。

综上所述，驾驶员在驾驶过程中应严格遵守交通规则，特别是注意交通信号灯的变化，确保安全行驶。如因特殊情况越过停止线，应立即停车，避免继续行驶造成闯红灯的违法行为。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。