车辆在路口超过停车线，一般情况下不会扣分。但如果车辆在红灯时已过停车线后还有明显的位置移动，则可能会被处罚。具体来说：
不扣分的情况：车辆只是轻微超过停止线，且没有继续前行，通常不会被视为违法行为，因此不会扣分。
可能扣分的情况：如果车辆在红灯亮起后，不仅超过了停止线，还继续前行，甚至驶入了路口中间或对面路口，那么这种行为就很可能被视为闯红灯，根据《道路交通安全违法行为记分分值》的相关规定，闯红灯的机动车驾驶人将被一次记6分（注：原文中提到记3分的情况与闯红灯记分不符，已根据现行规定更正）。
为了更直观地理解，可以举一个例子：假设你驾驶车辆在一个红绿灯路口等待，由于注意力不集中，车辆轻微超过了停止线，但你立即停车，没有继续前行。在这种情况下，由于你没有继续移动车辆，所以通常不会被扣分。然而，如果你超过停止线后还继续前行，那么就很可能会被电子眼抓拍到闯红灯的证据，从而面临扣分和罚款的处罚。
总之，驾驶车辆时应时刻保持注意力集中，严格遵守交通规则，避免因为疏忽大意而违反交通法规。如果你有任何关于交通法规的疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。