协议中甲方只有公司名称是有效的。以下是对此结论的详细解释：

1. 公司作为合同主体的合法性：

   • 公司是依法设立的法人组织，具备民事权利能力和民事行为能力，能够独立享有民事权利和承担民事义务。
   • 因此，公司在协议中完全具备签订合同的主体资格，只要公司具有相应的经营范围和民事行为能力，且协议内容符合法律规定，是双方真实意思表示，同时不损害国家利益、社会公共利益及他人合法权益，这样的协议即为有效。

2. 合同双方的代称与性质：

   • 在合同中，甲方和乙方仅为合同双方的代称，用于区分合同的不同参与方，并无特定限制要求甲方必须为个人或公司。
   • 实际上，甲方既可以是自然人，也可以是法人或其他组织，如公司、企业、机构等，这取决于合同的具体内容和参与方的性质。

3. 公司信息的明确性：

   • 当甲方为公司时，为确保合同主体的身份清晰和权利义务的明确，应在合同中明确写出公司的全称，并可能包括公司注册地址、法定代表人姓名、联系方式等相关信息。
   • 这些信息有助于确定合同的责任归属，并在发生纠纷时提供了明确的法律依据。同时，加盖公司公章也是确认协议效力和责任归属的重要方式。

4. 实际案例与法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同对当事人具有法律约束力。因此，只要合同的签订是双方真实意思的表示，不违反法律法规的强制性规定，且合同内容合法、双方具备相应的行为能力，合同即为有效。
   • 在实际操作中，许多商业合同都是以公司名义签订的，这种做法在法律上是完全合法的。

综上所述，协议中的甲方写公司的名称是完全合法的，只要确保合同内容真实、合法、有效，并且双方对合同条款都无异议，就可以签订并履行该合同。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。