开公司危货车抽烟违章被交通运输局罚款，一般情况下应由公司负责，但也可能存在需要个人负责的特殊情形。以下是对此问题的详细分析：

1. 公司负责的情形：

   • 在大多数情况下，危货车属于公司财产，驾驶员作为公司员工，在执行工作任务时发生的违章行为，其法律责任通常由公司承担。这包括因违章行为产生的罚款。
   • 公司作为车辆的所有者和管理者，有责任对驾驶员进行安全教育和培训，确保驾驶员遵守交通法规。因此，对于驾驶员在驾驶危货车过程中的违章行为，公司应承担相应的法律责任。

2. 个人负责的情形：

   • 如果驾驶员的违章行为是出于个人故意或重大过失，且该行为严重违反了公司的规章制度和交通法规，那么公司可能会依据内部管理制度对驾驶员进行处罚，甚至要求驾驶员承担部分或全部罚款。
   • 另外，如果驾驶员与公司之间签订有相关的责任协议，明确规定了驾驶员在违章情况下的责任承担，那么驾驶员也需要根据协议内容承担相应的法律责任。

综上所述，开公司危货车抽烟违章被交通运输局罚款，一般应由公司负责。但在特定情况下，如驾驶员存在故意或重大过失，或与公司签订有相关责任协议时，也可能需要个人承担部分或全部责任。如有具体法律问题或需要进一步咨询，请直接向我提问。