针对您提出的问题，关于行政案件询问笔录被询问人签字后，行政机关如果自行更改是否能查出来，以下是我的详细解答：
首先，需要明确的是，行政案件询问笔录是行政机关为了查明案件事实、收集证据而制作的重要文书。根据相关规定，询问笔录应当如实记录被调查人的回答，不得随意增删和更改。在被调查人核对笔录并签字确认后，该笔录就具有了一定的法律效力。
如果行政机关在询问笔录签字后自行进行更改，这种更改行为是违规的，甚至可能构成违法。因为更改后的笔录可能无法真实反映原始的调查情况和被调查人的真实意思，从而影响案件的公正处理。
那么，如何判断询问笔录是否被更改过呢？一般来说，可以从以下几个方面进行考察：
核对笔录内容：通过仔细比对笔录内容，特别是关键信息部分，如时间、地点、人物、事件等，看是否存在前后矛盾或不一致的地方。如果发现有明显的不合理或矛盾之处，就需要进一步核实。
检查修改痕迹：如果笔录被更改过，通常会留下一些修改痕迹，如涂改、划掉、添加等。这些痕迹可以作为判断笔录是否被更改的重要依据。
比对签字与手印：在询问笔录中，被调查人通常需要在笔录末尾签字并按手印确认。如果笔录被更改过，可以比对签字与手印是否与原始记录一致，以及签字与手印的位置是否合理。
调取相关证据：如果怀疑笔录被更改，还可以调取与笔录相关的其他证据进行比对，如录音、录像等。这些证据可以提供更直接的证明，帮助判断笔录的真实性。
综上所述，虽然行政机关在询问笔录签字后自行更改是违规的，但通过仔细核对笔录内容、检查修改痕迹、比对签字与手印以及调取相关证据等方法，我们仍然有可能查出笔录是否被更改过。因此，建议您在签署询问笔录前务必认真核对内容，并在签署后保留好相关证据，以便在必要时进行维权。