针对您提出的“程序违法的情况下行政处罚归档应该怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细、清晰的解答：

首先，我们要明确一点，行政处罚必须严格依照法定程序进行。如果行政处罚过程中存在程序违法的情况，那么该行政处罚可能会被视为无效。接下来，我将从几个方面详细阐述程序违法的行政处罚应如何处理：

1. 法律依据：

   • 根据《行政处罚法》的规定，有权机关应当依照规定的程序实施处罚；不遵守法定程序的，行政处罚无效。如果行政机关在作出行政处罚决定之前，没有依法向当事人告知给予行政处罚的事实、理由和依据，或者拒绝听取当事人的陈述、申辩，那么该行政处罚决定不能成立。
   • 同时，《行政许可法》、《行政强制法》等也有相关规定，对于违反法定程序的行为，上级行政机关或者有关部门可以责令改正，并对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分。

2. 处理流程：

   • 行政复议：如果当事人认为行政处罚存在程序违法，可以向复议机关申请行政复议。复议机关将对行政处罚进行审查，如果确认存在程序违法，可以决定撤销、变更或者确认该具体行政行为违法，并可以责令被申请人在一定期限内重新作出具体行政行为。
   • 行政诉讼：当事人也可以直接向人民法院提起行政诉讼。人民法院将对行政处罚进行审理，如果确认存在程序违法，可以采取判决撤销或者部分撤销该行政处罚，并可以判决被告重新作出具体行政行为。但需要注意的是，被告不得以同一的事实和理由作出与原具体行政行为基本相同的具体行政行为。

3. 归档处理：

   • 对于被确认程序违法的行政处罚，相关行政机关应当及时进行归档处理。归档时，应注明该行政处罚因程序违法而被撤销或变更的情况，并附上相关的法律文书和证据材料。
   • 同时，行政机关还应当对程序违法的原因进行深入剖析，总结经验教训，以避免类似情况再次发生。

4. 国家赔偿：

   • 如果程序违法的行政处罚给当事人造成了损害，当事人还可以根据《国家赔偿法》的规定，向国家机关申请国家赔偿。国家机关将依法对当事人的申请进行审查，并作出是否赔偿的决定。

综上所述，程序违法的行政处罚应当被及时撤销或变更，并归档处理。同时，行政机关应当加强对行政处罚程序的监督和管理，确保行政处罚的合法性和公正性。如果当事人认为行政处罚存在程序违法，可以通过行政复议或行政诉讼等途径维护自己的合法权益。