关于“程序违法的情况下的处罚已归档怎么办”的问题，首先我们要明确一点：程序违法指的是在司法、行政等程序中，相关机关或人员未按照法律规定的程序进行操作，从而导致了程序上的错误或瑕疵。当这种程序违法导致的处罚已经被归档时，处理起来确实需要一定的法律知识和技巧。

1. 核查程序违法的具体情况：

   • 首先，你需要仔细核查程序违法的具体情况，包括违法的环节、违法的原因、违法的后果等。这有助于你全面了解案件的背景，为后续的处理打下坚实的基础。

2. 评估处罚的合法性：

   • 接下来，你需要评估已经归档的处罚是否合法。这包括评估处罚的依据、处罚的程序、处罚的结果等是否符合法律规定。如果发现处罚存在不合法的情况，那么你可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。

3. 申请行政复议或诉讼：

   • 如果你认为处罚存在程序违法或实体违法的情况，你可以向作出处罚决定的机关申请行政复议，或者向人民法院提起行政诉讼。在申请行政复议或诉讼时，你需要提供充分的证据来证明处罚的违法性，并阐述自己的理由和诉求。

4. 寻求专业法律帮助：

   • 在处理这类复杂的法律问题时，寻求专业的法律帮助是非常重要的。作为一名专业律师，我可以为你提供全面的法律咨询和代理服务。我可以帮助你分析案件情况，制定合适的法律策略，并代表你与相关部门或机构进行沟通和协商。

5. 注意保留证据和时效：

   • 在处理过程中，你一定要注意保留相关证据，包括程序违法的证据、处罚决定的证据等。同时，你也要关注相关的法律时效问题，确保自己的权益得到及时有效的维护。

综上所述，当程序违法导致的处罚已经被归档时，你需要仔细核查程序违法的具体情况，评估处罚的合法性，并根据实际情况申请行政复议或诉讼。同时，寻求专业的法律帮助也是非常重要的。如果你有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。