员工因身体原因不能工作，通常不需要赔付违约金。下面我为您详细解释这一结论：

1. 违约金的约定情形：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位仅在为劳动者提供专项培训并约定服务期，或者与负有保密义务的劳动者约定竞业限制条款，且劳动者违反这些约定时，才可以与劳动者约定违约金。
   • 员工因身体原因不能工作，并不属于上述两种可以约定违约金的情形。

2. 生病的不可抗力性质：

   • 生病属于不可抗力因素，员工在生病期间按规定申请病假，并有医疗机构出具的证明，通常不构成违约。
   • 员工应当遵循公司的病假管理制度，及时告知公司并提供相关材料。如果员工已经按要求做到了这些，公司要求支付违约金是不合理的。

3. 病假期间的权益：

   • 员工在病假期间享有病假权利，公司应当按照法律规定和公司制度支付病假工资，病假工资通常不低于当地最低工资标准的一定比例。
   • 公司为员工缴纳的社会保险，如医疗保险，可以用于员工就医报销部分医疗费用，减轻员工的医疗负担。

4. 特殊约定的处理：

   • 如果双方之间有合法有效的特殊约定，且该约定与员工因身体原因不能工作的情况相关，那么应当按照约定处理。

综上所述，员工因身体原因不能工作，通常不需要赔付违约金。但请注意，如果双方之间有特殊约定，或者公司有其他合法合规的规章制度对此类情况有特别规定，那么应当按照相关规定或约定执行。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。