员工辞职后，公司人力资源部门通常不会继续存有员工的个人证件。员工辞职时，应当确保自己的所有个人证件都已取回，这是保护个人权益的重要一环。以下是对这一问题的详细解答：

1. 个人证件的归属：

   • 员工的个人证件，如身份证、学历证书、专业资格证书等，原本就属于员工个人所有，公司只是在员工入职时为了办理相关手续而暂时留存。
   • 辞职后，员工与公司之间的劳动关系终止，公司没有理由继续保留这些证件。

2. 离职手续的办理：

   • 在办理离职手续时，员工应当与公司人力资源部门确认所有个人证件是否已全部取回。
   • 如果发现有证件遗失或未归还，应当立即与公司沟通，要求公司归还或提供相应的证明文件。

3. 法律保障：

   • 根据相关法律法规，公司不得无故扣押员工的个人证件。
   • 如果公司拒绝归还员工的个人证件，员工可以向劳动监察部门投诉，寻求法律帮助。

4. 实际操作建议：

   • 在辞职前，员工可以主动与公司人力资源部门沟通，确认离职时需要办理的手续和取回的证件清单。
   • 离职时，务必仔细核对所有证件是否已全部取回，并妥善保管。

综上所述，员工辞职后，公司人力资源部门通常不会继续存有员工的个人证件。员工应当确保在离职时取回所有个人证件，以保护自己的合法权益。如果遇到公司拒绝归还证件的情况，员工可以依法维护自己的权益。