首先，我们需要弄清楚银行扣除这100元的具体原因，才能决定后续的处理方式。一般来说，银行扣款可能有以下几种情况：

1. 银行手续费或服务费：

   • 结论：如果是银行正常收取的手续费或服务费，比如账户管理费、交易手续费等，通常这类费用在开户协议或相关服务合同中会有明确约定。
   • 建议：你可以查阅公司与银行签订的协议或合同，确认这笔费用是否符合约定。如果符合，那么这笔扣款是合理的，无需进一步处理。

2. 银行错误扣款：

   • 结论：如果确认银行错误地扣除了这笔费用，你有权要求银行进行更正并退还这笔款项。
   • 建议：首先，保留好相关的扣款记录作为证据；然后，联系银行的客服部门，说明情况并要求处理。如果银行不予理睬，你可以考虑通过法律途径维护公司的权益。

3. 涉及法律纠纷的扣款：

   • 结论：如果这笔扣款与某起法律纠纷相关，比如法院判决、仲裁裁决等，那么需要根据公司是否确实存在相关义务来决定后续行动。
   • 建议：查阅相关的法律文书，确认公司是否应支付这笔费用。如果确实应支付，那么扣款是合法的；如果认为不应支付，可以寻求法律帮助，通过法律程序来争取权益。

4. 其他不明原因的扣款：

   • 结论：如果无法确定扣款的具体原因，你需要进一步调查并查明原因。
   • 建议：首先，联系银行获取更详细的扣款信息；其次，根据获取的信息进一步分析并决定后续行动。

综上所述，处理公司公户被银行扣除100元的问题，关键在于查明扣款的具体原因。你可以根据我上述的建议，逐步进行排查和处理。如果在这个过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。