关于扣除员工绩效奖金是否违法以及如何处理的问题，以下是根据相关法律法规和常见实践给出的详细解答：

一、扣除员工绩效奖金是否违法？

扣除员工绩效奖金的合法性主要取决于用人单位是否有明确、合法且合理的规定，以及扣发行为是否与员工的实际表现相符。具体来说：

1. 合法扣发的情形：

   • 用人单位在劳动合同、员工手册或其他规章制度中明确规定了绩效奖金的发放条件、考核标准及扣发情形，并且这些规定经过了合法程序制定。
   • 员工因未达到规定的绩效标准或存在符合扣发奖金的情形，如严重违反公司规章制度、失职给公司造成重大损失等，用人单位可依据这些规定扣发绩效奖金。

2. 违法扣发的情形：

   • 用人单位未在劳动合同或规章制度中明确绩效奖金的发放规则和扣发条件，或随意变更扣发标准。
   • 规章制度不合法，如制定程序不合法或内容违反法律法规的强制性规定。
   • 用人单位故意设置不合理、不公正的考核标准，导致大部分员工无法完成，进而以此为由扣发绩效奖金。

二、如何处理违法扣除绩效奖金的情况？

如果员工认为用人单位扣发绩效奖金的行为违法，可以通过以下途径来维护自己的合法权益：

1. 与用人单位协商：

   • 首先尝试与用人单位进行沟通，了解扣发原因，并寻求解决方案。通过协商，双方可以明确问题所在，并尝试达成一致的解决方案。

2. 向劳动监察部门投诉：

   • 如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权监察用人单位的工资支付情况，并会对投诉进行调查和处理。

3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：

   • 如果问题仍无法解决，员工可以向劳动仲裁委员会申请仲裁。劳动仲裁委员会将依法进行裁决，对仲裁结果不服的，员工还可以依法向人民法院提起诉讼。

三、法律依据

• 根据《工资支付暂行规定》第十八条，各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有克扣或者无故拖欠劳动者工资等侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金。

综上所述，扣除员工绩效奖金的合法性需根据具体情况判断。用人单位应确保相关规定的合法性与合理性，并严格按照规定执行；而员工也应了解自己的权益，并在必要时采取适当措施维护自己的合法权益。