针对您提出的“一个行政案件有多种违法行为如何处罚”的问题，这确实是一个在行政法实践中经常遇到的问题。以下是对此问题的详细解答：

一、基本原则

当一个行政案件涉及多种违法行为时，处罚的基本原则是“分别决定，合并执行”。这意味着，对于每一种违法行为，行政机关都需要单独作出处罚决定，然后根据相关法律规定，将这些处罚决定合并执行。

二、具体处理方式

1. 分别决定：

   • 对于每一种违法行为，行政机关都需要进行详细的调查，并根据违法行为的性质、情节、后果等因素，单独作出处罚决定。
   • 每种违法行为的处罚决定都应明确、具体，包括处罚的种类、幅度、执行方式等。

2. 合并执行：

   • 在分别作出处罚决定后，行政机关需要将这些决定合并执行。
   • 合并执行的方式可以是简单的累加，即将各种处罚的幅度相加，得出总的处罚幅度；也可以是选择其中最重的处罚作为最终执行的标准，这取决于具体的法律规定和案件情况。

三、特殊考虑

• 一事不再罚原则：在行政处罚中，一事不再罚是一个重要原则。这意味着，对于同一种违法行为，行政机关不能给予两次或两次以上的罚款处罚。因此，在合并执行时，需要特别注意避免违反这一原则。
• 过罚相当原则：处罚的幅度应与违法行为的性质、情节、后果等相适应，不能过轻或过重。在合并执行时，也需要考虑这一点，确保处罚的公正性和合理性。

四、法律依据

• 具体的法律依据可能因不同的行政领域和违法行为而有所不同。例如，在食品安全领域，可能会参考《食品安全法》的相关规定；在治安管理领域，则可能会参考《治安管理处罚法》等。
• 在处理具体案件时，行政机关应仔细查阅相关法律法规和规章，确保处罚决定的合法性和合规性。

五、实例分析

以食品安全领域为例，如果某超市同时存在经营超过保质期的食品、经营混有异物的食品以及经营标注虚假生产日期的食品等多种违法行为，行政机关在处罚时，应分别对每种违法行为进行调查和取证，然后单独作出处罚决定。最后，根据相关法律法规的规定，将这些处罚决定合并执行，确保处罚的公正性和合理性。

综上所述，对于一个行政案件有多种违法行为的情况，行政机关应遵循“分别决定，合并执行”的原则进行处理。在处理过程中，需要特别注意遵守一事不再罚和过罚相当等原则，并确保处罚决定的合法性和合规性。