公司在毕业生就业协议书用人单位主管部门上也盖章是符合规定的。具体分析如下：

一. 就业协议书的签订程序

• 毕业生就业协议书的签订需要遵循一定的程序，包括毕业生和用人单位达成就业意向后，双方在就业协议书上签字盖章；无独立人事权的用人单位还需报请上级主管部门在就业协议书上签字盖章等。这表明，就业协议书的签订涉及多个主体，包括毕业生、用人单位及其主管部门。

二. 用人单位主管部门的盖章

• 根据签订就业协议的程序，如果用人单位没有独立的人事权，需要报请上级主管部门在就业协议书上签字盖章。这意味着，用人单位主管部门的盖章是就业协议书签订过程中的一个重要环节，是确保协议有效性的关键步骤之一。
• 在你的情况下，公司在毕业生就业协议书用人单位主管部门上也盖了章，这符合就业协议书签订的程序要求，表明用人单位及其主管部门均对就业协议表示认可。

三. 就业协议的有效性

• 就业协议不是任何单位都能签的，必须是有人事代理权的单位。而用人单位主管部门的盖章，通常意味着该单位具有人事代理权或至少得到了具有人事代理权单位的授权。
• 因此，公司在毕业生就业协议书用人单位主管部门上的盖章，是就业协议书有效性的一个重要标志。

综上所述，公司在毕业生就业协议书用人单位主管部门上也盖章是符合规定的，也是确保就业协议书有效性的重要步骤。如有进一步需要，您可以继续咨询我。