当劳动合同和补充协议发生冲突时，一般以补充协议为准。因其反映了双方最新的合意和约定，但这一原则并非绝对，需根据具体情况进行综合分析。以下是对此问题的详细解释：
以补充协议为准的情况
补充协议是在原劳动合同签订后，双方当事人根据实际情况的变化，对原劳动合同的部分内容进行修改、补充而达成的协议。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，其法律效力通常优先于原劳动合同，原因如下：
- 时间优先原则：补充协议若签订于原劳动合同之后，且内容与原劳动合同不一致，视为对原劳动合同的变更，应以补充协议为准。
- 特定优于一般原则：即使补充协议签订时间早于原劳动合同，但若针对特定情况或条款，并与原劳动合同中的一般性规定冲突，也可能以补充协议为准。
- 意思表示真实原则：补充协议若出于双方自愿、平等、协商一致，且内容合法有效，则更可能被认定为双方的真实意思表示，具有更高法律效力。
原劳动合同继续有效的情况
尽管补充协议通常具有优先效力，但在以下情况下，原劳动合同可能继续有效：
- 部分补充：若补充协议明确仅对原劳动合同的某些特定条款进行补充，未涉及的原劳动合同条款仍然有效。
- 无效或可撤销的补充协议：若补充协议因违反法律法规强制性规定、存在欺诈、胁迫等导致合同无效或可撤销的情形，则需按照原劳动合同约定处理争议。
特殊情况及考量因素
在实际处理劳动合同与补充协议冲突的问题时，还需综合考虑以下因素：
- 劳动合同及补充协议的具体内容及其背景；
- 双方的交易习惯和行业惯例；
- 相关法律法规的规定及解释；
- 双方当事人的真实意图和合理期待。
综上所述，劳动合同和补充协议以哪个为准，需根据具体情况进行综合判断。如您在此方面遇到任何问题或争议，可直接向我咨询，我会为您提供专业的法律分析和建议。