关于质保金是否直接从工程款中扣除的问题，我可以明确地告诉你：是的，质保金通常是在工程竣工验收后，从应付给施工方的工程款中直接扣留的。这一做法是为了确保工程质量，并作为对施工企业进行作业监控的一项保障性措施。下面我将从几个方面详细解释这一问题：

1. 质保金的定义与目的：

   • 质保金，即建设工程质量保证金，是发包人与承包人在建设工程承包合同中约定的，从应付的工程款中预留的资金，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修。

2. 质保金的扣除方式：

   • 工程竣工验收后，发包人会按照合同约定的比例（通常为工程结算价款的3%-5%）直接从应付工程款中扣留质保金。
   • 若工程在质保期内出现质量缺陷，且属于承包人责任，发包人有权根据合同约定及相关法律规定，扣除相应质保金用于维修，扣除金额应与修复费用相当。

3. 质保金的返还：

   • 质保期届满后，若工程无质量问题，发包人应按约返还质保金给承包人。
   • 若发包人无正当理由扣除质保金，承包人有权通过协商、诉讼等方式要求返还。

4. 法律依据：

   • 这一做法通常会在工程承包合同的条款中明确注明，并遵循相关法律法规的规定，如《住房城乡建设部财政部关于印发建设工程质量保证金管理办法的通知》等。

综上所述，质保金确实是从工程款中直接扣除的，这一做法既符合合同约定，也符合相关法律法规的规定。如果你在这一方面还有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。