针对“编制人员被顶替查到后怎么处理”的问题，首先我们要明确的是，这种行为严重违反了相关法律法规和规章制度，损害了被顶替者的合法权益，也破坏了社会公平正义。以下是我作为律师，根据相关法律法规和实务经验，给出的处理建议：

1. 立即停止顶替行为：一旦发现编制人员被顶替的情况，相关单位或部门应立即停止这种违法行为，并采取措施恢复被顶替者的合法权益。

2. 调查核实情况：相关单位或部门应成立专门调查组，对顶替事件进行全面、深入、细致的调查，核实被顶替者的身份、工作表现、薪资待遇等，以及顶替者的身份、顶替手段、顶替时间等，确保事实清楚、证据确凿。

3. 依法依规处理：

   • 对于顶替者，根据其情节轻重，依法给予相应的行政处分或法律制裁，如开除公职、追究刑事责任等。
   • 对于参与顶替的相关责任人，如招聘人员、管理人员等，也应依法追究其责任，给予相应的行政处分或法律制裁。
   • 对于被顶替者，应恢复其编制身份，补发被顶替期间的薪资待遇，并视情况给予一定的经济补偿和精神损害赔偿。

4. 完善制度机制：为了防止类似事件再次发生，相关单位或部门应完善招聘、管理、监督等制度机制，加强人员身份审核、档案管理、信息公开等方面的工作，确保招聘过程的公开、公平、公正。

5. 加强宣传教育：通过加强宣传教育，提高公众对顶替行为的认知和警惕性，形成全社会共同监督、共同抵制的氛围。

总之，编制人员被顶替是一种严重的违法行为，必须依法依规严肃处理。如果你或你身边的人遇到了类似问题，建议及时向我咨询，我会根据你的具体情况提供更具针对性的法律建议。