结论前置：超市员工少了的烟买单了，过几天后退款，这一行为是否违法，需要具体分析退款的原因和过程。如果退款是基于正当理由，如误购、商品质量问题等，并且退款过程符合超市的退款规定，那么这一行为通常不构成违法。但如果退款过程中存在欺诈、虚构事实等行为，就可能触犯法律。
详细分析：
正当退款情况：
- 如果员工在购买烟后发现烟存在质量问题，或者由于误购等原因需要退款，并且按照超市的正规退款流程进行，那么这一行为是合法的。
- 在这种情况下，退款是消费者合法权益的体现，超市也有义务按照相关规定为消费者办理退款。
不正当退款情况：
- 如果员工在购买烟后，故意虚构事实或隐瞒真相，以骗取退款，那么这一行为就可能构成欺诈，是违法的。
- 此外，如果员工与超市内部人员勾结，通过不正当手段实现退款，也可能触犯法律，如构成职务侵占等。
法律后果：
- 如果退款行为被认定为合法，那么员工和超市之间就退款事宜达成的协议将受法律保护。
- 如果退款行为被认定为违法，那么相关责任人可能需要承担法律责任，包括但不限于赔偿损失、接受行政处罚等。
建议：
- 在进行退款前，建议员工先了解超市的退款规定，确保退款行为的合法性。
- 如果退款过程中存在任何争议或纠纷，建议及时咨询专业律师，以维护自己的合法权益。
总之，超市员工少了的烟买单了过几天后退款是否违法，取决于退款的具体原因和过程。如果退款行为合法合规，那么就不构成违法；如果退款过程中存在不法行为，那么就可能触犯法律。