耕地上的违法建设不适用城乡规划法，而主要适用土地管理法。以下是对此结论的详细解释：

1. 立法目的与处罚分工：

   • 《土地管理法》的主要目的是保护、开发土地资源，合理利用土地，切实保护耕地。它主要针对的是违法占地行为，如未经批准或者采取欺骗手段骗取批准非法占地、擅自将农用地改为建设用地、占用耕地进行建设以及破坏种植条件的其他行为等。
   • 《城乡规划法》的主要目的是协调城乡空间布局，改善人居环境，促进城乡经济社会全面协调可持续发展。它主要针对的是未取得规划许可证或者未按照规划许可证进行建设的违法行为。

2. 违法建设的性质：

   • 在耕地上进行违法建设，其实质是破坏了耕地的使用性质，侵犯了耕地保护这一主要法益。因此，这种行为更符合《土地管理法》所规制的违法占地行为。
   • 虽然违法建设也可能违反《城乡规划法》中关于建设规划的规定，但《城乡规划法》并不处罚擅自将农用地改为建设用地、占用耕地进行建设等违法行为。

3. 法律适用原则：

   • 在耕地上的违法建设行为同时违反了《土地管理法》和《城乡规划法》时，由于两部法律的立法目的不同，处罚分工不同，且违法先后顺序不同（即先违法占地，后违反规划），因此一般应当优先适用《土地管理法》。
   • 《城乡规划法》在核发建设工程规划许可证或乡村建设规划许可证时，也将取得使用土地的有关证明文件或办理农用地转用审批手续作为前提条件。这表明，在土地使用不合法的情况下，规划许可也无法取得，进一步印证了《土地管理法》在耕地违法建设中的优先适用性。

综上所述，耕地上的违法建设主要适用《土地管理法》进行处罚，而不适用《城乡规划法》。若您在此类问题上遇到任何法律困扰，可直接向我咨询，我将为您提供专业的法律帮助。