对于“按罚款面积计算合法面积是否有法律依据”的问题，答案是：在一定情形下，按罚款面积计算合法面积确实有法律依据。以下是对这一结论的详细解释：
城市规划区内的情形：
- 若你的房屋在城市规划区内，且在建房时对于超过工程规划许可的批准面积之外的面积已经缴纳了相应的罚款，那么这部分面积应当视作《城乡规划法》第六十四条规定的“尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的”情形。
- 在这种情况下，既无需拆除超出部分的建筑，且可不再视为违章建筑，而是可以认定为合法面积。在拆迁中，这部分面积可与房产证载明的部分享受相同的补偿安置。
因规避税负导致的产证面积小于实际建筑面积的情形：
- 另一种情形是，产证面积小于实际建筑面积，原因是当时在办理产权证时为少交建筑营业税或城镇土地使用税，故少报了实际建筑面积。
- 对于这种超出产证面积的部分，虽然当时存在规避税负的行为，但考虑到房屋建成属既成事实，且建房申请和房屋建筑时并无违法情形，司法实践中同样对其权益予以保障。
- 在拆迁中，这部分超出产证面积的部分也应与产证面积部分享受同等待遇的补偿安置。
综上所述，按罚款面积计算合法面积在特定情形下是有法律依据的。如果你面临类似的情况或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。