迟到半小时算旷工扣两天工资通常不合法。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据：

   • 《中华人民共和国劳动法》第三条明确规定，劳动者享有取得劳动报酬的权利。迟到半小时并不等同于未提供劳动，只是劳动开始时间有所延迟，因此不能简单地将其视为旷工并扣除相应工资。
   • 《中华人民共和国劳动法》第四条要求用人单位应当依法建立和完善规章制度，保障劳动者的合法权益。将迟到半小时按旷工处理并扣除两天工资的规定，可能违反了这一原则。
   • 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条第一款规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果企业将迟到半小时算作旷工并扣除两天工资，这显然与按时足额支付劳动报酬的要求相悖。

2. 合理性分析：

   • 从工作实际情况看，员工迟到半小时可能是因为一些不可预见或不可避免的原因，如交通拥堵等。在这种情况下，将迟到半小时认定为旷工并扣除两天工资，显然不符合实际工作情况。
   • 从公平角度看，如果迟到半小时就按旷工扣两天工资，那么对于那些因特殊原因偶尔迟到的员工来说是不公平的。这种处理方式可能会让员工感到自己的权益受到了侵害，从而影响员工的工作积极性和对企业的忠诚度。

3. 企业正确做法：

   • 企业应根据自身的行业特点、工作性质和实际情况，制定科学合理的考勤制度和处罚措施。例如，可以规定迟到一定时间（如15分钟以内）给予口头警告，超过一定时间（如30分钟以上）扣除相应的全勤奖或部分绩效奖金等。
   • 当员工出现迟到情况时，企业应首先与员工进行沟通，了解迟到的原因，并给予适当的提醒和教育。通过沟通和教育，帮助员工认识到遵守考勤制度的重要性，提高员工的自律意识。

综上所述，迟到半小时算旷工扣两天工资的做法通常不合法。企业应当遵循法律法规，制定合理合法的规章制度，并加强对员工的教育和管理，以维护良好的工作秩序和员工的合法权益。如果你遇到了类似的情况，可以与用人单位进行协商，或者向劳动监察部门投诉，以维护自己的合法权益。